樂根魚蛋白肥的適用範圍極廣，幾乎所有作物都能使用，尤其適合對品質、口感要求高的經濟作物和需肥量大的大田作物。從作物類型看，瓜果類（草莓、番茄、西瓜）使用後能提升果實甜度和著色度，減少畸形果；葉菜類（生菜、菠菜）能加快葉片生長，提高產量且不易纖維化；果樹類（蘋果、柑橘）在萌芽期、膨果期使用，可增強樹勢，減少落果，還能改善果實風味；大田作物（小麥、水稻）則能提升抗倒伏、抗病蟲害能力，增加千粒重。
從生長階段看，它在三個關鍵期使用效果最佳：一是苗期，此時作物根係脆弱，使用 500-800 倍液的水溶性樂根魚蛋白肥灌根，能促進根係毛細根生長，提高幼苗成活率，比如蔬菜苗移栽後灌根，緩苗時間可縮短 2-3 天；二是花期，此時作物需消耗大量營養，葉麵噴施 300-500 倍液，能促進花芽分化，提高授粉成功率，比如番茄花期噴施，坐果率可提升 15%-20%；三是膨果期 / 灌漿期，此時是營養積累關鍵期，衝施或滴灌顆粒型樂根魚蛋白肥，能為果實提供持續營養，減少裂果、空心問題，比如西瓜膨果期使用，單果重量可增加 0.3-0.5 公斤，且糖度更均勻。
使用時需注意三個細節：一是濃度控製，不同作物對濃度敏感程度不同，葉菜類、苗期作物需用低濃度（800-1000 倍），果樹、膨果期作物可用較高濃度（300-500 倍），避免濃度過高導致葉片灼傷或根係受損；二是使用時間，葉麵噴施應選擇清晨或傍晚，此時溫度較低、葉片氣孔張開，能提高吸收率，避免正午高溫時使用，防止藥液蒸發過快產生藥害；三是搭配禁忌，樂根魚蛋白肥呈弱酸性（pH 值 5.5-6.5），不宜與堿性肥料（如草木灰、氫氧化鈣）或堿性農藥混合使用，否則會導致蛋白變性失效，若需搭配其他產品，應先小範圍試驗，確認無沉澱、無反應後再大麵積使用。
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